לאחר הטמעה של מערכות אוטומציה במפעל, יש צורך לדאוג לתחזוקה שוטפת של המערכת. התחזוקה כוללת בין היתר טיפול במערכת שהותקנה במערך הייצור, איתור ותיקון תקלות ושימור מערכת האוטומציה כך שתפעל כראוי לאורך זמן.
כאשר מדובר בשימור מערכת אוטומציה פשוטה יחסית לתפעול, אין צורך בהכשרה מיוחדת מצד חברת האוטומציה. במידה והמערכת מורכבת, חברת האוטומציה תדאג להכשרת צוותי המפעל. לאחר שהמפעל רוכש את מערכת האוטומציה, הוא נהנה מקשר ישיר עם יצרן המערכת. כאשר ישנה תקלה בחלקים השונים של המערכת, היצרן יספק עבורו חלקים חלופיים ויספק לו שירות לקוחות.